《阿拉善和硕特旗蒙古文历史档案》系列丛书所辑人的档案为内蒙古阿拉善左旗档案馆馆藏的清代和民国时期阿拉善旗札萨克衙门蒙古文档案。这些档案可分为原始档案（折件）和档册档案，档册档案是发文底稿和原始档案的抄件，即基本按年月日顺序抄录成册的档案。
《阿拉善和硕特旗蒙古文历史档案》系列丛书所辑入的档案是将阿拉善旗札萨克衙门蒙古文档案经扫描处理后影印出版的，所以保持了档案的原貌。
由于阿拉善旗札萨克衙门档案中既有原始档案折件，也有档册档案，档册档案的格式、长短等也各不相同，考虑到版面设计的需要，《阿拉善和硕特旗蒙古文历史档案》系列丛书在编排时分成了折件和抄件，抄件又分成了两种，分别成册。
为便于读者利用，《阿拉善和硕特旗蒙古文历史档案》系列丛书所辑入的档案文件是按年月日顺序（阴历）编排的，对于原始档案和档册档案中年代顺序错乱的文件，进行了重新编排。某些无年月日文件，依照原档册年份的排列顺序进行编排的。
对于某些围绕一件事前后不同时期形成的文件，为便于读者利用，未改变原档的排列顺序。由于馆藏的档册档案类型多样，为避免不同类型的档案互相穿插，在编排一些档册档案时只按年代顺序进行编排。
《阿拉善和硕特旗蒙古文历史档案》系列丛书在编辑时，每个文件都做了蒙文目录。原档案中的满、汉人名和某些汉文地名的拼写不是很规范，既有用满文写的，也有用蒙文写的。为便于读者利用，蒙文目录中的汉文人名及地名等基本用现在通用的蒙古语转写方法转写。
《阿拉善和硕特旗蒙古文历史档案》系列丛书中的印章均为原始档案文件上的印章，经过扫描影印修图处理。
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