①村社自治下“政社不分”结构与体制。社区(村)支部、居民(村民)委员会和股份合作社多数是按照“一套班子、三块牌子”的模式来运作的。农村社区自治的 “一人一票”这与股份合作社治理中的“一股一票”原则不一致。民主的公平性、开放性与集体经济的差异性和封闭性存在矛盾，进而影响到民主制度与经济制度之间的有机融合、相互促进，这是当前农村社会稳定和经济发展中一个急待解决的重点和难点问题。
②村社自治下福利主义决策结构与体制。股份合作社的公有属性使个人的所有权与分配权分离，也使得社员股东只关心分红，而不关心集体资产的经营。这种福利主义还体现为股份合作社经营的好坏不影响股东福利的准入条件，使经营者缺少激励。对于重大投资的决策无法做到民主与效率统一。这也是股份合作社研究的难点。
③经济与社会双重身份的矛盾及其化解。股份合作社引入了现代企业的运作模式并有了市场化运作的身份，但是股份合作社既要促进合作社本身的经济发展，要求组织本身的资产增值分红，同时又要考虑到对于原先社区（村）集体的社会保障功能。双重的负担影响到合作社发展，也是研究中重点。
④村社自治下产权与股权矛盾及其化解。社区（村）外的个人和法人资本不能进入合作社，后续迁入的个人也不能享有分配权。股权没有平台而无从实现规模交易，这与股权的开放性相矛盾，也间接造成了原有社员与新流入社员间的利益对立。因而“村—社”自治视角下，产权与股权的矛盾化解成为选题研究的重点之一。
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