由郑林主编的《张志聪医学全书》收录了张志聪现在存世的8部医学著作，即《素问集注》九卷、《灵枢集注》九卷、《伤寒论宗印》八卷、《侣山堂类辩》二卷、《伤寒论集注》六卷、《金匮要略注》四卷、《本草崇原》三卷、《医学要诀》四卷，共45卷，计173万言。这是清代以来较完备的张志聪医学著作全集，为今人研究张志聪的学术思想，学习其治疗经验，提供了一份较完整的文献资料。
《素问集注》、《灵枢集注》为阐发《内经》之理，集诸家一得之见。张志聪之注，开集体创作之先河，俾后人读《素问》而知病之所由起，读《灵枢》而识病之如何瘳。
《伤寒论宗印》、《伤寒论集注》注解《伤寒论》，虽然维护伤寒旧论，但在理论研究上，能独立思考，提出看法。
《金匮要略注》重视以经解经，所引用的经书有《素问》、《灵枢》、《伤寒论》、《难经》等，其中以《内经》、《伤寒论》最多。《侣山堂类辩》是张氏集同学及弟子数十人，在侣山堂研讨中医学术、医理之文集。本书论辨的中心思想在于研究中医学术之同异，而辨其是非。其所论辨的内容，有属于脏腑、经络、气血、病因等基础理论的；有属于四诊、八纲等诊断学说的，有属于辨病辨证施治的；有属于医籍评介的。下卷主要论述中药。其卷首与卷末载方药论10余篇，卷中论述了40多种药物的命名、性味和功用主治等。
《本草崇原》是历史上**部注释《神农本草经》的药学专著。全书共分三卷，按三品分类法，运用五运六气的理论，对300味中药的药性做了恰当的解释。其注释，基本上不离《本经》原文宗旨，其发挥之处，或为前人经验的总结，或为张氏本人的心得体会，是一部可供中医临床、中药研究参考的实用价值较高的本草学专著。
《医学要诀》分脉诀、经诀、草诀和药性备考。脉诀就其生理脉象、病证脉象作了较为贴切的注释；经诀就十四经脉的循行及相关病证作了进一步的解释；草诀注释了阴阳气味升降浮沉，五味所归，五走、五欲、五禁五宜、五脏六腑用药气味补泻，药有须使畏恶等法象。其对药物的注释有300种，分别阐述了各种药的性味和功能主治；药性备考分水部、土部、金石部、草部、菜部、谷部、味部、果部、木部、虫部、鱼部、禽部、兽部等，分别就其中性味、功能主治作了说明。
