在价值分析过程中，综合运用了比较研究、文献研究、访谈、实地调研等方法，其中比较研究是价值分析的核心方法。例如在生物多样性价值的比较研究中，通过文献调研和资料普查得知，武夷山自然保护区生态系统所拥有的物种多样性优势在全国范围内具有典型性和代表性。为了印证此结论，将福建武夷山与《自然保护区名录》(截至2012年底)中主要保护对象包含“中亚热带森林生态系统”和“中亚热带常绿阔叶林”的自然保护区进行横向比较。比较内容包括：高等植物种类，国家一、二级重点保护野生植物种类，野生脊椎动物种类，野生两栖动物种类，野生爬行动物种类，国家一、二级重点保护野生动物种类，以及野生昆虫种类等。同时，为了进一步增加比较过程的严谨性，还在比较对象中加入了武夷山森林公园和部分福建省内的省级自然保护区。又如在朱子理学价值的比较研究中，通过提炼和综合世界遗产的价值阐述、历史学家的结论，采用历史研究、比较研究等方法来综合阐述朱子理学价值。论证过程包括两个层次：首先阐述朱熹的历史文化贡献，进而分析朱熹与武夷山的关系，从而阐明武夷山的朱子理学价值。以比较研究为例，比较了朱熹在不同地区生活的时间长短、朱子理学载体在不同地区的遗存数量，从而说明武夷山的朱子理学价值。
每一类型的价值分析包括四个方面的内容：其一，价值阐述，即整体上描述该类价值，也包括比较研究的基本结论；其二，比较研究，展示主要的比较研究过程，除了审美价值不便进行比较研究外，其他几类价值均进行了比较研究，审美价值则以定性描述为主；其三，完整性分析，即目前该价值的保护管理现状，是否满足价值的完整性要求，本研究对完整性的界定参考了世界遗产领域对完整性的定义，主要考察已有保护范围是否涵盖了所有价值载体，价值要素或相关要素是否全部被包含在保护范围内等方面；其四，干扰因素分析，即对价值及其载体产生负面影响或潜在威胁的因素，该内容是之后制定保护管理政策的重要依据。
2．2地质地貌价值
2.2.1 价值阐述
武夷山地质结构复杂，地貌体质典型。他是我国丹霞地貌分布的东南集中分布区的重要组成部分，拥有典型的“晒布岩”等国内罕见的丹霞地貌。“华东屋脊”黄岗山海拔2158m，雄居华东南大陆之巅，是我国华东和华南地区(除中国台湾地区)峰。是闽、赣两省和闽江、长江水系的分水岭武夷山脉的部分，是福建闽江水系、江西信江水系的发源地之一。动植物化石丰富，是研究我国东部侏罗一白垩系地层及时代划分的典型剖面。
2．2．2比较研究
2．2．2．1武夷山是我国丹霞地貌分布的东南集中分布区的重要组成部分
武夷山丹霞地貌分布广，丹霞地貌类型时间跨度大，是我国罕见、典型丹霞地貌集中地之一，也是我国东南丹霞地貌集中分布区的重要组成部分。
丹霞地貌作为一种特殊的地貌类型，在中国多数地区都有分布。。根据地壳抬升速度、区域降水以及植被覆盖度等指标，按照分布数量与规模尺度，中国丹霞地貌可分成3个相对集中的分布区：粤、闽、赣、浙、湘、桂等省的南岭一武夷山—仙霞岭的弧形地带(东南区)，云贵高原、川西高原与四川盆地的马蹄形过渡带(西南区)，陇山周围、河湟渭谷地等T形分布区(西北区)。。其中，武夷山所在的东南区是丹霞地貌分布的地区，共计286处，占全国丹霞地貌总处数的42．8％，且单体规模大、形态类型多。
武夷山丹霞地貌区面积61．33km。。南北长18．5km，东西宽1～5km，平均宽3．32km。北起百花岩北缘，南至乌龟山南麓，东起饭罩岩(乳头山)东缘，西抵白云岩西南麓的后溪。武夷山丹霞地貌区包括溪南壮年、幼年丹霞地貌区、邓家山一一FN老年丹霞地貌及河流阶地区、百花岩壮年晚期丹霞地貌区。。
选取我国典型的丹霞地貌群与武夷山丹霞地貌进行对比研究。对比对象为“中国丹霞”世界自然遗产——湖南良山、贵州赤水、福建泰宁、江西龙虎山、广东丹霞山和浙江江郎山。对比项目包括分布面积、高差、丹霞地貌时期跨度。
湖南良山位于资新盆地，在66km。中分布着所有发育阶段的丹霞地貌，其中以壮年早期和壮年晚期的地貌典型，从峰到点的高差为516m；贵州赤水位于四川盆地，丹霞地貌面积达1341km。，高差为15lOm，是6个遗产地中面积、高差的一处，分布着青年晚期为主的丹霞地貌；福建泰宁位于朱口一梅口盆地，分布有面积为】10km。青年时期典型的丹霞地貌，高差为713m；江西龙虎山位于信江盆地，丹霞……
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